福建省農(nóng)業(yè)科學院成立于1960年。現(xiàn)設有水稻、茶葉、果樹、作物、甘蔗、食用菌、畜牧獸醫(yī)、生物技術、農(nóng)業(yè)生態(tài)、植物保護、土壤肥料、農(nóng)業(yè)生物資源、農(nóng)業(yè)工程技術、農(nóng)業(yè)經(jīng)濟與科技信息等研究所和中心實驗室以及科技干部培訓中心共16個研究（服務）機構(gòu)。
擁有國家水稻改良中心福州分中心等3個重點實驗室（中心），福建省精密儀器農(nóng)業(yè)測試重點實驗室等6個省級重點實驗室，福建省畜禽疫病防治工程技術研究中心等12個省級工程（技術）研究中心；建有國家龍眼-枇杷資源圃、福建省農(nóng)業(yè)科研野外觀察站等8個國家和省級資源圃和野外觀察站。全院共有142多公頃實驗場（圃），保存珍貴作物種質(zhì)資源13000多份。
在職職工1090人，其中，中國科學院院士1人、專家6人、省級專家15人、享受政府特殊津貼73人、國家“百千萬人才工程”人選5名、省“百千萬人才工程”人選37名；研究員120人，副研究員221人，中級專業(yè)技術人員317人；博士（生）108人、碩士（生）381人。建立了博士后科研工作站和中農(nóng)院研究生教學實習基地，每年合作招收碩士、博士研究生100人左右。1978-2010年以來，共取得國家、部省級科技獎勵成果385項，其中省部級二等獎以上重大成果104項。
福建省農(nóng)業(yè)科學院堅持以應用研究和開發(fā)研究為主，適當開展基礎研究，建立了作物育種、園藝科學、農(nóng)業(yè)微生物、農(nóng)業(yè)生態(tài)、動物傳染病、基礎生物學、植物保護、農(nóng)產(chǎn)品加工、農(nóng)村區(qū)域經(jīng)濟、食用菌等10個創(chuàng)新團隊，著力提高科技創(chuàng)新能力。在水稻育種（超級稻、轉(zhuǎn)基因水稻）、果樹育種（枇杷、龍眼）、畜禽疫苗（番鴨細小病毒病）、水產(chǎn)病害（歐鰻小瓜蟲）、生物農(nóng)藥（生物殺菌劑-ANTI8098A和生物殺蟲劑-BtA）、植物病蟲防治（捕食螨、柑桔黃龍病）、農(nóng)業(yè)生態(tài)（紅萍資源）等方面研究居世界先進水平。
福建省農(nóng)業(yè)科學院堅持服務“三農(nóng)”，服務企業(yè)，近年來實施“雙百”行動，每年選派百名農(nóng)業(yè)專家深入基層服務百家農(nóng)業(yè)龍頭企業(yè)，選派百名農(nóng)業(yè)專家駐點農(nóng)村服務百個規(guī)模經(jīng)營的專業(yè)農(nóng)戶。建立了200多家農(nóng)業(yè)龍頭企業(yè)技術示范點和300多個規(guī)模種植科技示范基地，探索出農(nóng)業(yè)科技服務“三農(nóng)”長效機制，有效推進了科技成果的轉(zhuǎn)化應用。