黔東南州林業科學研究所是黔東南州林業局直屬的財政全額撥款事業單位，始建于1958年，1966年并入貴州省林業科學研究所，1978年12月恢復建所。目前，黔東南州林業科學研究所內設機構為2室3中心，即辦公室、科研業務室、對外交流合作中心、科技信息中心、林木良種繁育中心。宗旨是開展林業科學技術研究，促進科技發展；業務范圍包括林木遺傳育種、森林生態、森林培育、森林經營與保護、園林綠化、水土保持等方面研究及林業科學技術推廣、咨詢、培訓，林木種苗、園林植物等林產品開發與利用。
黔東南州林業科學研究所人員編制39人，現有在職職工26人，其中專業技術人員16人，行政管理人員8人，工勤人員2人。在專業技術人員中有工程技術應用研究員（正高）2人，高級工程師（副高）2人，工程師4人，經濟師1人，助理工程師7人。
在黔東南州林業局的領導和支持下，黔東南州林業科學研究所不斷攻艱克難，取得了一系列研究成果，為黔東南的經濟社會發展做出了積極的貢獻。30多年來，黔東南州林業科學研究所共榮獲部、省、州級科技進步獎近35項，其中林業部科技進步二等獎1項，省科技進步二等獎1項，三等獎6項，四等獎4項；省林業廳科技進步二等獎1項，三等獎2項，州科技成果轉化二等獎1項；州科技進步二等獎4項，三等獎9項、四等獎6項；先后發表科研論文100余篇，主持編著出版專著2部（《立木蓄積與原木材積表》、《黔東南常見森林植物圖譜》）；同時，先后有郭玉明、吳朝斌獲“政府特殊津貼”、楊光勇獲“貴州省五一勞動獎章”和“貴州省青年科技獎”，余忠權獲“貴州省科技興農人才獎”、王定江、楊漢遠獲“貴州省綠化獎章”，王定江獲“全省綠化先進個人記一等功”等榮譽稱號。
目前，黔東南州林業科學研究所國家、省、州科研項目共有25項，其中主持20項，協作5項（中國林科院資源昆蟲所1項、貴州大學林學院1項、省植物園1項、省林科院2項）。